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表達譜芯片

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Affy表達譜芯片

產品描述信息

基于Affymetrix平臺的表達譜芯片覆蓋物種廣泛,產品種類齊全,主要包括3’IVT芯片和全轉錄本芯片兩大類。利用表達譜芯片,研究人員可以快速高通量地檢測實驗樣本與對照樣本基因的表達水平,篩選出差異表達的基因,研究基因功能。

產品詳細信息

 

 

3'端表達譜芯片和全轉錄組表達譜芯片


3'端表達譜芯片

主要針對基因3’末端上游約600bp的序列設計約11組PM-MM探針,這些探針檢測到的信號值與靶標序列的表達水平存在線性關系。檢測方法基于3’端擴增原理,芯片檢測反義鏈。

 

實驗流程

 

 

全轉錄組表達譜芯片

用隨機引物法擴增靶標序列,因此其探針設計區域無需局限于3’末端,對于原核生物針對開放讀碼框來設計探針,對于真核生物針對基因的外顯子設計探針。檢測方法基于隨機引物擴增原理,芯片檢測正義鏈。全轉錄組分析方法讓研究人員能夠檢測特定基因的多個轉錄本異構體,包括3’端檢測方法可能錯過的轉錄本,如可變剪切、非PolyA轉錄本、多PolyA位點轉錄本以及截短的轉錄本。對于HTA2.0芯片可以進行lncRNA的檢測,同時也可以進行可變剪接的分析。

實驗流程 

 

芯片推薦

表達譜芯片數據分析

 

成功案例

【案例一】:利用基因表達譜芯片分析植物抗逆反應機制 

Rice phytochrome-interacting factor-like protein OsPIL1 functions as a key regulator of internode elongation and induces a morphological response to drought stress. PNAS.2012 vol.109 no.39 15947-15952.

  干旱時植物生長和發育的最大制約條件,經常會導致作物的產量下降。為在干旱條件下也獲取作物的高產量,解開應對干旱脅迫出現的生長降低的分子機制是必不可少的。本研究中,作者使用基因表達譜芯片對干旱脅迫下的水稻基因表達譜進行分析,證實PIF-like基因OsPIL13是調控水稻節間伸長減少的關鍵元件。

 

【案例二】: 基于基因表達譜芯片數據展開毒理學分析

Global gene expression profiling of human lung epithelial cells after exposure to nanosilver. Toxicol Sci.2012,130(1):145-57.

  銀納米粒子(AgNPs)是消費產品中應用最廣泛的納米粒子,被用于繃帶,紡織品和家用物品(利用銀的抗菌性能)。但是AgNPs對細胞轉錄組的影響目前知之甚少。在此項研究中,作者使用基因表達譜芯片對人肺上皮細胞系A549暴露在AgNPs下的表達譜變化進行分析。發生變化的基因包括金屬硫蛋白成員,熱激蛋白和組蛋白家族。暴露于AgNPs會使細胞內產生活性氧,但在實驗濃度下不會引起凋亡和壞死。暴露于AgNPs也會干擾細胞周期。盡管AgNPsAg+對細胞的轉錄水平影響高度相關,但是由于其特殊的微粒形態,AgNPs對細胞的作用方式更為復雜。

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