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數字化基因表達譜測序

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數字化基因表達譜測序

產品描述信息

     數字化基因表達譜(Digital Gene Expression Profiling,DGE)利用新一代高通量測序技術和高性能計算分析技術,能夠全面、經濟、快速地定量檢測某一物種特定組織或發育時期的基因表達種類和豐度信息,具有定量更準確、可重復性更高、檢測范圍更廣、分析更可靠等特點,可廣泛應用于生理調控、農業性狀、生物標記、環境改造、疾病機制和藥物篩選等多個領域。本公司可根據客戶需求,靈活選擇合適的測序深度,以達到對不同豐度轉錄本的檢測要求。

產品詳細信息

1、數字化信號:測序直接獲得每個基因的特異表達標簽序列,無背景噪音,無交叉雜交;可鑒別序列間單個堿基的差異;通過計數表達標簽序列的數目來確定該基因的表達量,大大提高了定量分析的準確度;

2、高通量:一次測序得到1000萬條以上的序列;

3、檢測閾值寬:跨越6個數量級的寬檢測閾值,從幾個到數十萬個拷貝精確計數;

4、良好的重復性:深度測序保證了抽樣隨機性,不同批次的表達譜度量準確,無需重復實驗,能夠更準確的進行差異表達分析;

5、定量更準確:使用RPKM方法計算基因表達水平。

 

樣品類型:去蛋白并進行DNase處理后的完整總RNA

樣品需求量(一次建庫量):人、小鼠、大鼠樣品:≥2 μg, 其他類型樣品:≥2 μg

樣品濃度:人、小鼠、大鼠樣品:≥80 ng/μl,其他類型樣品:≥200 ng/μl

樣品純度:動物樣本:RIN ≥ 7.028S:18S≥1.0,植物樣本:RIN ≥ 6.5OD260/280≥1.8OD260/230≥1.828S:18S≥1.0,昆蟲樣本無此要求。

【案例一】:通過對轉基因水稻與非轉基因水稻正常條件及干旱脅迫處理的材料進行表達譜測序,發現光合作用、碳固定、氧化還原等相關基因在轉基因水稻中上調表達,從基因表達水平驗證了產量和耐旱性提高,根系發達、光合速率提高等性狀變化;

【案例二】:通過對凝血素處理的人肺微血管內皮細胞與對照組進行表達譜測序,結果獲得了10個最顯著上下調的基因;

[1]Yu L, Chen X, Wang Z, et al. Arabidopsis Enhanced Drought Tolerance1/HOMEODOMAIN GLABROUS11 Confers Drought Tolerance in Transgenic Rice without Yield Penalty[J]. Plant Physiology, 2013, 162(3): 1378-1391.

[2] Qi X H, Xu X W, Lin X J, et al. Identification of differentially expressed genes in cucumber (Cucumis sativus L.) root under waterlogging stress by digital gene expression profile[J]. Genomics, 2012, 99(3): 160-168.

[3]Hideo Matsumura, et al. High-throughput superSAGE for digital gene expression analysis of multiple samples using next generation sequencing. PLoS ONE. 2010, August.Vol.5:e1 2010.

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