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miRNA芯片

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Affymetrix miRNA 芯片

產品描述信息

   microRNA (miRNA)是真核生物體內一類具有基因表達負調控功能的非編碼小分子RNA。研究表明:miRNA在基因表達調控、生物個體發育、代謝及疾病發生等生理過程中均發揮著重要的作用。

  研究人員利用miRNA芯片可以快速高通量的獲得對照樣本與實驗樣本的miRNA表達情況,從中篩選出差異表達的miRNA,并對這些差異表達的miRNA進行靶基因預測,為后續其功能的驗證以及生物標志物的篩選奠定基礎。

產品詳細信息

 

技術流程

 


 

芯片介紹

 

  基于Affymetrix平臺的miRNA 4.0芯片是一個強大的工具,有助于研究非編碼RNA的作用及其在發育和生理機制中的參與程度。

芯片特色


n 全面可檢測miRBase Release 20數據庫中所有成熟的miRNA序列

n 分析簡化可在同一張芯片上分析人類、小鼠、大鼠等所有物種的每一條miRNA

n 信息豐富提供宿主基因IDmiRNA靶基因和miRNA聚類信息

n 樣本量低僅需低至130 ngRNAn 支持樣本類型組織、細胞、全血、FFPE樣本等

芯片內容

 

u 100% 覆蓋miRBase v20數據庫

u 30,424個成熟miRNA

u 5,214個人、小鼠、大鼠miRNA

u 1,996個人類snoRNA、scaRNA

 

u 3,770個探針專門針對人類、小鼠、大鼠前體發夾狀序列設計

相關案例

 

研究背景:在軟組織腫瘤中滑膜腫瘤大約占10%。而滑膜腫瘤最容易發生在年輕的成年人身上,一個特殊易位發生在18號染色體上的SYT基因和X性染色體上的SSX基因導致了腫瘤的發生和增殖。

實驗材料:采集滑膜腫瘤活躍期和平緩期以及健康人和其他平滑肌腫瘤患者的血液樣本。健康對照組(n = 5),滑膜肉瘤緩解期(n = 10)和活躍期(n = 5),惡性周圍神經鞘瘤(N = 3),尤文氏肉瘤(n = 3)和脂肪肉瘤(n = 6)。

實驗方法:利用AffymetrxmiRNA基因芯片對上述樣本進行檢測,然后用實時熒光定量PCR來進一步驗證差異表達的miRNA

研究結果:芯片數據分析表明miR-99a-5pmiR-146b-5pmiR-148b-3pmiR-195-5pmiR-223-3pmiR-500b-3p  miR-505-3p在滑膜腫瘤患者中顯著上調,推測7miRNA滑膜腫瘤的發生密切相關。研究人員進實驗驗證確定一個適合檢測全血miRNA生物標志物來確定滑膜腫瘤,甚至還可以用來區別其他組織滑膜腫瘤。

 

參考文獻

 Fricke A, Ullrich P V, Heinz J, et al. Identification of a blood-borne miRNA signature of synovial sarcoma[J]. Molecular Cancer, 2015, 14(1):1-13. 【點擊下載原文】

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