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lncRNA芯片

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lncRNA芯片

產品描述信息

lncRNA是長度>200個核苷酸的非編碼RNA轉錄本,不但參與多種生物學進程,扮演多種角色(如剪接、轉錄干擾、轉錄后調控、基因組印跡、染色質修飾、細胞周期調控、表觀遺傳學調控、免疫監視等), 而且廣泛參與機體的生理和病理過程。

  研究人員利用lncRNA芯片可以快速通量獲得對照樣本與實驗樣本的表達差異lncRNA,為后續其功能的驗證以及生物標志物的篩選提供參考。

產品詳細信息

 

技術平臺

  

  主要Affymetrix平臺,Affymetrix芯片是集原位光刻合成寡核苷酸專利技術、高密度的點陣技術以及獨特的PM-MM探針設計為一體的,具有種類豐富、信息量大的特點。

 

技術流程

 

 

lncRNA芯片

  

  基于Affymetrix平臺的全轉錄組芯片、Clariom D芯片和Clariom S芯片均可提供全轉錄組(mRNAlncRNA)基因水平分析解決方案。

 

高分辨率的基因表達芯片--HTA2.0芯片

  GeneChip® Human Transcriptome Array 2.0芯片包含了超過六百萬條不同探針,覆蓋超過285,000個全長轉錄本(>245,000個編碼轉錄本和>40,000個非編碼轉錄本)。

 

 

芯片特點

 

 

n 芯片設計和注釋的數據庫來源廣,如RefSeqEnsemblUCSCVega databaseMCv10)lncRNA db

n 每個外顯子設計約10條探針,每個外顯子之間的剪接點有4條探針

n 重復性高(批內相關系數≥0.99),變異系數(CV< 6.5%

n FFPE樣本和新鮮凍存樣本應用此芯片均可獲得有意義的結果

 

深度廣度并重的轉錄組水平分析--Clariom D芯片

 

新一代全面高解析度轉錄組水平分析工具,幫助加速生物標記物探索與發現研究,以最快路徑發現組學特征結果。Clariom D assays具有人、大鼠、小鼠三種完整解決方案,僅需一次實驗即準確分析編碼RNA和非編碼RNA的基因水平、外顯子水平與可變剪切變化信息等,從而幫助科研工作者高速快捷的發現生物標記物。

 

芯片特點

 

n 快速準確的從15個數據庫超過540,000個轉錄本中發現鑒定疾病相關標記物

n 從編碼RNA、非編碼RNA中檢測基因水平、外顯子水平及可變剪切信息

n 低豐度和極低豐度轉錄本均可檢測

n 獲得全面轉錄組數據,最低僅需100pgRNA10個細胞)

n 適用不同類型樣品,如全血、FFPE樣品、新鮮及新鮮凍存樣品、培養細胞等

 

全轉錄組基因水平分析--Clariom S芯片

 

為科研工作者提供快速、便捷以及靈活的方式檢測全轉錄組基因水平變化。探針覆蓋所有注釋明確的基因,兼容不同類型樣品包含臨床來源樣品,多種格式包含單張卡式芯片及高通量板式芯片滿足不同樣品通量研究需要。它是簡單、高速、低成本地研究注釋明確基因的最好工具。

 

芯片特點

 

l 準確檢測覆蓋超過20000個注釋明確基因的基因水平表達變化

l 按需選擇合適格式滿足不同樣品通量研究需要,可每天處理1192個樣品

l 獲得全面表達譜數據,最低僅需100pgRNA10個細胞)

l 適用不同類型樣品,如全血、FFPE樣品、新鮮及新鮮凍存樣品、培養細胞等

 

特別推薦

 

 

相關案例

 

A Cytoplasmic NF-κB Interacting Long Noncoding RNA Blocks IκB Phosphorylation and Suppresses Breast Cancer Metastasis A Cytoplasmic NF-kB iteracting long noncoding RNA Blocks 

研究思路:

NF-κB是細胞內最重要的核轉錄因子,參與多種基因的表達和調控。很多胞外刺激信號(促炎癥細胞因子TNF-α、白介素IL-1、細菌脂多糖(LPS)、各種物理和化學壓力等)都可以引起NF-κB 信號通路的激活, 對腫瘤的發生發展起到促進或者抑制作用。

第一確定實驗材料方法。本研究選擇炎癥因子TNF-α,IL-1bLPS處理過的乳腺癌細胞為材料進行研究,研究人員lncRNA芯片對上述樣本進行檢測芯片結果發差異倍數10以上的23上調lncRNAs28下調lncRNAs

第二根據實驗結果,結合研究目的確定候選對象。 本研究經過篩選確定NKILAchromosome 20q1320染色體長臂13下來的研究對象

三步目標基因在大量樣本中進行驗證。利用Q-PCR上千例乳腺癌組織中檢測NKILA表達情況結合臨床數據分析,NKILA表達與乳腺癌預后不良顯著相關,作為潛在的生物標記物。

四步:利用基因過表達和敲實驗方法探索目標基因功能。研究人員利用細胞系和小鼠模型NKILA表達和除進行功能研究。再結合RIPRNA pull down實驗方法探索其分子機制結果表明NKILA能夠NF-κB通路相互作用,通過結合NF-κB /IκB抑制IKK誘導IκB磷酸化,導致NF-κB信息活,從而抑制乳腺癌腫瘤轉移。

 

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