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基因組DeNovo測序

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基因組DeNovo測序

產品描述信息

基因組De Novo測序即基因組從頭測序,是指對基因組序列未知或沒有近緣物種基因組的某個物種的全基因組序列的測序。不需要任何參考序列資料即可對某個物種進行測序,然后用生物信息學手段對測序序列進行拼接、組裝和注釋,從而獲得該物種的基因組序列圖譜。采用全基因組從頭測序技術,我們可以得到動植物、細菌、真菌等的全基因組序列,從而推進及加速該物種的研究。繪制完成一個物種基因組序列圖譜,意味著這個物種學科和產業的新開端!這也將帶動本物種下游一系列研究的開展。全基因組序列圖譜完成后,可以構建該物種的基因組數據庫,為該物種的后基因組學研究搭建一個高效的平臺;為后續的基因挖掘、功能驗證提供DNA序列信息。源泉宜科有豐富的經驗,已經完成多個物種基因組測序,可以高效、低成本地完成所有物種的基因組序列圖譜。

產品詳細信息

 

 

產品特點

 

1、高通量測序效率高,成本低;

2、高深度測序:準確率高; 

3、全球領先的基因組組裝軟件:采用Trinity組裝軟件;
 
4、經驗豐富:源泉宜科已經成功完成多個物種的全基因組從頭測序。

 

技術參數 

 

 1、樣品類型:DNA樣品;

 

2、樣品需求量(單次):小片段文庫≥ 3μg;2kb大片段文庫≥20μg;5kb-6kb大片段文庫≥ 20μg;10kb文庫≥30μg ;20kb和40kb

 

3、大片段文庫≥ 60μg;PCR-free文庫≥ 30μg;總樣品量需根據實驗策略,如建庫類型及建庫數量而定;

 

4、樣品濃度:對于小片段文庫≥ 30 ng/μl;對于對于大片段文庫≥100ng/μl;

 

5、樣品質量:基因組完整;

 

6、樣品純度:OD260/280= 1.8~2.0。

 

成功案例

 

  【案例一】:野駱駝是世界上惟一能靠喝鹽水生存的動物。已有的研究表明,由于駱駝生活在干旱的荒漠地區,經過長期的自然選擇,具有許多其它動物所不具備的生理特性。如駱駝具有極強的耐渴和耐高溫能力、對植被具有超強的適應力以及特殊的免疫系統。基因圖譜分析顯示,雙峰駝全基因組大小為2.38Gb,共編碼20821基因,其中發現了4756個雙峰駝獨有基因。

 系統發育分析顯示,在已完成基因組測序的物種中,雙峰駝與同屬偶蹄目的牛的遺傳關系最近,推測牛和雙峰駝分化時間大約在5500萬—6000萬年前。這一結果同在北美首次發現駱駝科化石證據的時間(5000萬年)基本吻合。
 

研究還表明,駱駝能耐受高血糖的部分原因是基因發生變異,這些基因變異特征同人類的II型糖尿病很像。其中調節胰島素信號途徑的基因屬于雙峰駝部分快速進化基因的一類。對駱駝胰島素應答的進一步研究有助于了解人類胰島素調控和糖尿病機理。該成果在《Nature》子刊Nature Communications上作為封面文章在線發表。

 

【案例二】:蝎子是一類特殊的節肢動物,歷經四億多年的生存與進化,仍然保留了古生代遠祖的主要形態結構特征,因而被視為“活化石”。研究人員對蝎子及其毒素持續進行了近20年的深入系統研究,在我國的蝎子資源及蝎毒素的研究方面,取得了一系列成績。 

 

 

   近來,為了揭示蝎子長期生存及適應模式的遺傳基礎,在國際上第一個完成了全世界生物量最大的蝎種——馬氏正鉗蝎(俗稱東亞鉗蝎)的基因組測序,預測了32,016個蛋白質編碼基因。

 

     通過對蝎子基因組及轉錄組的進一步分析,闡明了蝎子的捕食、夜間行為、感光與解毒等相關重要遺傳特征的分子基礎。這些結果顯示了蝎子在漫長的進化過程中對環境的適應性機制。

   馬氏正鉗蝎基因組的解析,揭示了一種獨特的節肢動物適應模式,使我們對通常認為活化石蝎子的遺傳基礎有了新的認識。此外,馬氏正鉗蝎是中藥及其它民族醫藥的重要原料,在我國有2000余年的藥用史,被用于治療如類風濕關節炎、中風、癲癇癥和慢性疼痛等疾病。

【案例三】:華根霉菌是我國傳統釀造工業中的重要功能的絲狀真菌,也是許多工業品和酶制劑如L-乳酸、延胡索酸、脂肪酶、溶栓酶等的生產菌株。通過華根霉菌基因組的測定和華根霉菌基因及相關代謝的分析,加深了對華根霉菌的微生物生理生化及在大曲和傳統釀造過程中的代謝機制和作用的認識。

 

參考文獻

 

  [1] Cao ZYu YWu Y, Li W, et al.The genome of Mesobuthus martensii reveals a unique adaptation model of arthropods. Nat Commun.2013;4:2602.

[2] Jirimutu, Wang Z, Ding G, Chen G, et al.Genome sequences of wild and domestic bactrian camels.Nature Communications Volume:3,Article number:1202 DOI: doi:10.1038/ncomms2192.

[3] Li R, Wang J, et al. The making of a new pathogen: Insights from comparative population genomics of the domesticated wheat pathogen Mycosphaerella graminicola and its wild sister species. Genome Res. 2011 Dec; 21(12):2157-66.

[4] Junjie Qin, Yujun Cui, et alOpen-Source Genomic Analysis of Shiga-Toxin–Producing E. coli O104:H4. N Engl J Med. 2011 Aug 25; 365(8): 718-24.

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